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容量を増すにはソフトの対応が不可欠なので仕方ないのだと思います。
ソフト変更できるなら他のメディアに対応させることも視野に入ってくるでしょう。

カード内に複数のディスクイメージを持ってスイッチか何かで切り替える方式なら原理的には可能です。

ところで1Mのフロッピーのために最低限必要なカード容量はどのくらいなのでしょうか?

FDDのインターフェイスを流れるデータはFM/MFMなどの変調かかっています。
これをそのまま記録するには1Mでは全然足りません。
復調しているなら対応フォーマットが厳密に決まっているはずです。