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ありがとうございます。
なるほどビッグエンディアンだから上下バイト間のキャリは考慮していないと。なので一致比較はできても大小比較はできないと。
MC6801以降はどう処理しているんだろう? 思いつくのは
1. まず上位を計算して減算結果をどこかに残しておく
2. 下位を計算してボローが発生したら1.の結果から-1分補正してN,V,Cを訂正する
かな。上位の結果を全ビット残さなくてもフラグだけなら直せる気がします。