長らく放置してしまったEEPROM問題ですが、解決（というか原因判明）したのでその顛末を記しておきます。

まず前回の最後に書いた試してみたいことですが

1. EMILY Boardのファームウェアを古いものに戻してみる
   → 状況変わらず
2. AT24C64に交換してみる
   → 部品は調達したのですが未実施
3. TWI（AVRのI²Cインターフェイス）のステータスを表示してみる
   → ステータスの意味を調べ中
4. I²Cバスの波形を観察してみる
   → 立ち上がりが遅いように見えたのでレートを320kHz→100kHzに下げてみたが状況変わらず

といった結果でした。